ゲノム研究を根本的に変えたという次世代シーケンス解析(NGS)。以前まで不可能であった実験が可能になり、様々な基礎研究や応用分野で活発に使用されるようになってきています。そんな次世代シーケンス解析の基礎知識について学んでいきましょう。
ゲノム配列を高速で解読できる次世代シーケンス解析。これによって、様々な基礎研究や応用分野で活発に利用される時代になってきました。この次世代シーケンス解析は前身のサンガーシーケンシングとどう違うのでしょうか?研究も医療も変えるという次世代シーケンスについて詳しく解析していきます。
ゲノム解析の装置として利用されている次世代シーケンサー。これには複数の種類が存在するため、解析目的に応じて適切な装置を使う必要があります。ここでは、多くの受託企業で導入されている次世代シーケンサーの装置やその特徴について詳しくみていきましょう。
幅広い分野の医薬生物学において欠かせないツールでもある次世代シーケンス解析。既に多くの研究者に用いられ、論文も年々増えています。ここでは、これから次世代シーケンス解析を使ってみたいとお考えの研究者に向け、解析の基本的な流れについてご紹介します。
解析したい配列に対して何度も配列断片を取得していく次世代シーケンス。その配列を読む長さをリードと呼びます。次世代シーケンスで世界的なシェアがあるのはIllumina社の機器とPacBio社の機器。この機器、リードの長さが違うという特徴があります。そんなショートリードとロングリードの違いをみていきましょう。
目的に応じたゲノム解析で時間やコストを削減することができるようになった次世代シーケンス解析。これには全ゲノム配列を解析して遺伝子情報を充実させる方法と、疾患などに関連した領域に絞り、少ない工数で精密なデータを入手するターゲットシーケンスといった手法があります。どういったものなのかみていきましょう。
「実験相談窓口」を設け、様々な生物種や解析目的に応じた実験計画から実験プロトコル、データ解析まで研究者の立場に立った提案をしてくれる。
遺伝子解析の中でも、ThruPLEX技術を用いたタカラバイオオリジナル解析サービス「cfDNA変異解析」を提供。変異した遺伝子を検出。
遺伝子バイオマーカーの測定から、コンパニオン診断薬(CDx)を含む体外診断用医薬品の開発、薬事申請、製造販売までワンストップで対応。
【選定条件】
※2023年2月20日調査時点で「次世代シーケンス解析 受託」とGoogle検索し、50位までに表示されるNGS受託サービスを提供する企業29社のうち、「ISO9001」を取得し、他社の受託解析を代理店販売しておらず、公式HPでサービス内容をしっかり確認できる日本資本の会社を3社ピックアップ。その中から公式サイトで確認できる情報をもとに以下の条件で要件ごとに各サービスを選定。
初めての受託解析…北海道システム・サイエンス(調査した結果、3社のうち唯一、実験相談窓口※サービスを行っている)
※参照元:北海道システム・サイエンス公式HP(https://hssnet.co.jp/product/total-support/)
cfDNA変異解析…タカラバイオ(調査した結果、3社のうち唯一、オリジナルcfDNA変異解析※を提供している)
※参照元:タカラバイオ公式HP(https://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/basic_info.php?unitid=U100009437)
新薬の開発…理研ジェネシス(調査した結果、3社のうち唯一、開発・薬事申請・製造販売までワンストップで対応※できる)
※参照元:理研ジェネシス公式HP(https://www.rikengenesis.jp/placement/development.html)