次世代シーケンス解析に対応している、レアバリアントの特徴や企業情報、対応するサービスについて解説します。次世代シーケンス解析の依頼にあたって参考にしてください。
レアバリアントは名古屋大学の産学協同講座であり、その後、企業へと規模を拡大した経緯があります。名古屋大学発のベンチャー企業であり、中部地方・東海地方のゲノム解析研究を促進する役割を担う企業です。核酸創薬のためのスクリーニングプラットフォーム構築を進めているなど、規模の大きな事業も展開しています。
病原性評価やヒト疾患ゲノム解析に対応するレアバリアントでは、オーダーメイドのゲノムデータ取得に対応しています。アカデミアから製薬企業まで、次世代シーケンス解析に求めるものはさまざまです。そこでそれらの細かなニーズに対応するため、オーダーメイドのデータ取得と、バイオインフォマティクス技術を提供しています。
短期間での納品を目指している点もレアバリアントの特徴です。ヒト全ゲノム MGI DNBSEQ T7/G400における平均 x30カバレッジ (～90Gb)は、132,000円（税込）から対応しています。
レアバリアントでは次のような次世代シーケンス解析に対応しています。
解析サービスのメインとなるのが、全ゲノムデータ取得です。MGI社とIllumina社と両方のシーケンサーでの解析に対応しており、さらに精度管理ラボ・データセキュリティ担保サービスや標準ライブラリ調整費用込のサービス、オンラインデータ返却標準納期プランも選択できます。
定量ゲノムデータ取得サービスにおいては、使用するシーケンサーや検体により価格や使用するシーケンサーの種類が変わります。RNAseqやChIPseqのデータ取得も可能です。
用途に応じて、DNBSEQ-T7とG-400の2種類のシーケンサーを用いています。主に高品質な全ゲノムデータを出力するために用いられており、がんゲノムデータを得たり、シングルセルRNA解析に適している機材です。
レアバリアントの次世シーケンス解析では、Illumina社のNovaseq 6000も利用しています。3.2Tbの全ゲノムデータの出力、4レーン分割のランも可能であり、短期間で多くのヒト全ゲノムのデータ取得ができるところが魅力です。
| 名称 | レアバリアント株式会社 |
|---|---|
| 所在地 | 東京都文京区本郷4-1-4 |
| 営業時間 | 公式HP記載なし |
| 営業日 | 公式HP記載なし |
| 電話番号 | 公式HP記載なし |
| 公式サイトURL | https://www.rarevariant.co.jp |
「実験相談窓口」を設け、様々な生物種や解析目的に応じた実験計画から実験プロトコル、データ解析まで研究者の立場に立った提案をしてくれる。
遺伝子解析の中でも、ThruPLEX技術を用いたタカラバイオオリジナル解析サービス「cfDNA変異解析」を提供。変異した遺伝子を検出。
遺伝子バイオマーカーの測定から、コンパニオン診断薬（CDx）を含む体外診断用医薬品の開発、薬事申請、製造販売までワンストップで対応。
【選定条件】
※2023年2月20日調査時点で「次世代シーケンス解析 受託」とGoogle検索し、50位までに表示されるNGS受託サービスを提供する企業29社のうち、「ISO9001」を取得し、他社の受託解析を代理店販売しておらず、公式HPでサービス内容をしっかり確認できる日本資本の会社を3社ピックアップ。その中から公式サイトで確認できる情報をもとに以下の条件で要件ごとに各サービスを選定。
初めての受託解析…北海道システム・サイエンス（調査した結果、3社のうち唯一、実験相談窓口※サービスを行っている）
※参照元：北海道システム・サイエンス公式HP（https://hssnet.co.jp/product/total-support/）
cfDNA変異解析…タカラバイオ（調査した結果、3社のうち唯一、オリジナルcfDNA変異解析※を提供している）
※参照元：タカラバイオ公式HP（https://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/basic_info.php?unitid=U100009437）
新薬の開発…理研ジェネシス（調査した結果、3社のうち唯一、開発・薬事申請・製造販売までワンストップで対応※できる）
※参照元：理研ジェネシス公式HP（https://www.rikengenesis.jp/placement/development.html）
